Hola,
Para mi no hay ninguna relación con que Windows estuviera instalado, Windows crea sus particiones, si las eliminas o cambias de disco duro ya no existe Windows en el portátil.
La bios si es independiente a Windows, pero Windows se instala en un hardware con el que tiene que ser compatible, según como configures la bios hay compatibilidad en usb y así más opciones, así que son independientes pero hay opciones que en según que casos puedan ser necesarias.
En un portátil no tanto, porque suele estar bastante capado de opciones la bios.
La bios no se debería de desconfigurar, eso solo lo hace cuando se agota la batería de 3V de la placa madre y en cuanto a la configuración de fábrica de la bios, entrando a ella tienes las opciones de cargar los valores por defecto y optimizados.
Es todo muy raro, y que en el portátil antiguo te pase lo mismo más raro, porque eso indica que el usb no esta bien creado, porque la ISO no creo si dices que ya probaste con distintos sistemas operativos de Windows.
He instalado en portátiles que traian Windows otros Windows más modernos y Linux Mint y nunca me paso lo que comentas.
Te va tocar llevarlo a un servicio técnico que ellos teniéndolo delante si puedes hacer pruebas, o seguir con Mint y olvidarte de Windows.
Que vaya bien!
Saludos